研究院在太仓总部有两个大型实验室——中心实验室和微生物实验室。中心实验室负责研究院研发项目相关指标的测定以及新检测技术开发，配有高效液相色谱仪、原子吸收光谱仪、近红外光谱仪、气相色谱仪、酶标仪等大型精密仪器，管理上引进了先进的LIMS实验室管理系统，并于2016年通过CNAS认可。良好的软硬件条件、专业的人员素质和规范的管理水平为研发数据的准确性提供了坚实保障。微生物实验室为微生物相关研发活动服务，主要划分了菌种保藏室、培养室、无菌间、发酵室、后处理室、微生物分析室等多个具有独立功能的实验区域，配备了生物安全柜、超净工作台、生化培养箱、恒温振荡器等微生物操作设备。